Para la utilización del FileDisk se necesita crear un tipo de archivo especial llamado sparse file. Según la Wikipedia, es un tipo de archivo para el cual se asigna un espacio determinado, pero no se llena en su totalidad con ceros aún estando vacío, sino que se crea de una forma en la que las partes vacías no cuentan como espacio ocupado. También habla de ello Microsoft, así como de la forma de crearlos. Es un concepto algo complicado y poco conocido, pero es bastante útil para casos como el de FileDisk.
El problema viene cuando ese archivo empieza a crecer y se fragmenta muchísimo (llegué a tener el archivo que contenía el Cygwin partido en 18.000 partes), y las herramientas habituales de desfragmentación no son capaces de tratar este tipo especial de archivos. De hecho, herramientas comerciales como O&O Defrag tampoco pueden.
Así que con un poco de búsqueda llegué a la solución: Contig. Es una pequeña aplicación que es capaz de desfragmentar archivos específicos, incluso los sparse files.